Madrasah Aliyah Program Khusus (MAPK) MAN 1 Surakarta adalah program madrasah unggulan nasional di bawah kementerian agama. Kekhususan Program ini terdapat dalam dalam tiga hal. (1). Sistem seleksi tingkat nasional yang ketat dan mempersyaratkan kemampuan kemampuan akademik minimal yang culup tinggi. (2). Sistem pondok pesantren (Islamic Boarding School). Semua siswa harus tinggal di ma’had /pondok di bawah pengawasan pembina ma’had selama 24 jam sehingga memudahkan untuk pendidikan karakter secara terpadu (3). Bahasa pengantar dalam pembelajaran mata pelajaran agama menggunakan bahasa Arab. Demikian pula buku pegangan dan referensi pokok, serta tes evaluasi menggunakan bahasa Arab.
Program Keagamaan berlangsung dari Senin hingga Jumat, pukul 07.00 hingga 15.00 WIB. Kegiatan meliputi pembelajaran akademik, sesi tahfidz Al-Qur'an, kajian keislaman, ibadah terjadwal, dan kegiatan asrama yang mendukung pengembangan spiritual dan karakter.
Daftar SekarangSelain MAPK Program Keagamaan, MAN 1 Surakarta menawarkan berbagai program unggulan lainnya yang dirancang untuk mengembangkan potensi siswa secara maksimal, baik dalam akademik, keagamaan, maupun keterampilan.